Post-doctorat – Analyse non ciblée par HRMS de contaminants organiques chez les dauphins communs de l’Atlantique Nord-Est

Environnement de travail :

Le poste fait partie du projet de recherche DELMOGES (« DELphinus MOuvements GEStion ») (https://delmoges.recherche.univ-lr. fr/), mené par LRUniv, l’Ifremer (Institut Français de Recherche pour l’Exploitation de la Mer) et le CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) en partenariat avec l’UBO (Université de Bretagne Occidentale), le CNPMEM (Comité National des Pêches Maritimes et des Élevages Marins), et l’OFB (Office Français de la Biodiversité). Ce projet vise à mieux comprendre les interactions entre les dauphins communs et les activités de pêche afin de mieux identifier les solutions permettant de réduire leurs captures accidentelles. DELMOGES est un projet pluridisciplinaire qui va de l’écologie à la gestion et qui est multipartite, associant scientifiques et professionnels. Le thème des captures accidentelles est largement couvert par les médias français et les enjeux socio-économiques sont importants. DELMOGES a démarré en mars 2022 pour une durée de 3 ans.

Missions et activités liées au poste :

Nous proposons un projet de recherche post-doctoral novateur et stimulant au sein d’un groupe de recherche dynamique entre LRUniv/Observatoire Pelagis et Ifremer Nantes/unité Contamination chimique des écosystèmes marins. Ce groupe a déjà développé des méthodes analytiques basées sur la GC-IMS-HRMS pour détecter un large spectre de contaminants chimiques organiques bioaccumulables dans des matrices biotiques et abiotiques complexes provenant de l’environnement marin, ainsi d’un workflow semi-automatisé de traitement des signaux identifiés (priorisation et annotation).

Le candidat sélectionné traitera des échantillons de lard et de foie de dauphins à l’aide d’un processus analytique basé sur la GC-IMS-HRMS afin d’étudier l’exposome chimique des dauphins et de déterminer s’il existe des différences dans le profil des petites molécules (gamme m/z : 100-1200) des dauphins échoués présentant des marques évidentes de capture accidentelle par rapport à d’autres causes de mortalité (naturelle) (par exemple : pathologie, prédation/compétition, erreur de navigation/échouage « topographique », vieillesse). Ifremer Nantes est en train d’acquérir son propre système HRMS, mais des collaborations étroites existent avec des groupes qui possèdent des systèmes Orbitraps, Agilent QToF et Bruker timsTOF si l’intérêt pour ces systèmes émerge.

Profil recherché :

Nous recherchons un candidat/une canditate très motivé.e et enthousiaste, titulaire d’un doctorat dans le domaine de la chimie analytique basée sur les techniques d’HRMS, l’exposomique ou la métabolomique, ayant une expérience et une réussite avérées dans le travail indépendant et au sein d’une équipe dans un centre de recherche analytique ou académique.

Les compétences essentielles pour ce poste sont les suivantes :

• Expérience de la préparation d’échantillons, de l’extraction et de la purification de matrices complexes telles que des échantillons de biote.
• Solide expertise (en terme de pratique) dans l’analyse des contaminants environnementaux par GC-HRMS.
• Expérience significative dans l’utilisation de logiciels de traitement de données (par exemple MS-DIAL, HaloSeeker, El-Maven, etc.) pour le prétraitement des données, la mise en correspondance des spectres de masse et des bases de données, les analyses statistiques et l’annotation de caractéristiques par ordre de priorité.
• Une expérience dans l’élucidation structurelle manuelle et automatisée de caractéristiques inconnues à partir de leur spectre de fragmentation respectif est indispensable. Une expérience de travail avec des molécules organiques polyhalogénées sera considérée comme un atout mais n’est pas obligatoire.
• Une pratique du traitement des données IMS serait appréciée.
• Une connaissance des écosystèmes marins serait certainement considérée comme un atout.
• Pratique (orale et écrite) de l’anglais indispensable.

Type de recrutement :

Le poste est d’une durée de 18 mois. Le candidat/la candidate passera les 9 premiers mois à l’Ifremer, au centre de Nantes, avec des voyages de courte durée (financés par le projet) à Pau (situé dans le sud-ouest de la France) pour l’analyse instrumentale. Les 9 mois restants seront passés à La Rochelle Université pour compléter le traitement des données et la publication des résultats.

En tant que chercheur.e non permanent (contractuel) recruté.e par LRUniv, le candidat ou la candidate recevra un salaire à partir de 2300€ brut (environ 2000€ net) en fonction de son expérience. Le poste comprendra des collaborations étroites avec les chercheurs principalement impliqués dans le projet, ainsi qu’avec des ingénieurs et des techniciens, pour la conception et la réalisation de travaux expérimentaux. Le candidat ou la candidate pourra également travailler en étroite collaboration avec des étudiants et étudiantes de troisième cycle (master et doctorat) impliqués dans d’autres projets de recherche.

Candidature :

Le candidat/la candidate retenu.e commencera idéalement à l’été 2023 en fonction des disponibilités des candidats. La date limite de dépôt des candidatures est fixée au 7 avril.

Pour candidater, veuillez soumettre un seul PDF contenant votre curriculum vitae actuel (y compris la liste des publications), ainsi qu’une lettre de motivation décrivant votre intérêt pour le poste et la manière dont vos qualifications répondent aux critères énoncés ci-dessus, à :

• Randolph Singh (randolph.singh@ifremer.fr) et
• Tiphaine Chouvelon (tiphaine.chouvelon@univ-lr.fr).

Les coordonnées de trois références professionnelles et, si possible, des lettres de recommandation seraient appréciées. Les candidats intéressés peuvent envoyer un courriel à Randolph Singh (en anglais) pour de plus amples informations.

Les candidats présélectionnés seront interviewés en visio-conférence dans la seconde moitié du mois d’avril.