Ingénieur d’études (F/H) – développement et maintenance de packages R pour l’appui à la gestion des prélèvements anthropiques dans les populations naturelles de vertébrés

Contexte de recherche

La gestion adaptative vise à mettre en place des actions de gestion de la biodiversité sur la base d’objectifs fixés collectivement et de diagnostics partagés, quantifiés et fondés scientifiquement. Dans ce cadre théorique ou dans le cadre plus général de la biologie de la conservation, les causes de mortalité d’origine anthropique affectant la faune sauvage, qu’elles soient accidentelles ou à des fins récréatives ou alimentaires, doivent ˆetre évaluées afin d’atténuer leur impact ou d’assurer leur durabilité. La durabilité des niveaux d’exploitation est toutefois rarement documentée, car les connaissances sur la dynamique des populations restent rudimentaires, voire quasi-nulles pour de nombreuses espèces sauvages. Certaines approches utilisant des données démographiques limitées peuvent néanmoins s’avérer utiles pour fournir une première évaluation de l’utilisation durable des populations d’oiseaux exploitées et aider à ajuster les niveaux d’exploitation en conséquence. La méthode des invariants démographiques (DIM) est utilisée pour détecter la surexploitation (Niel et Lebreton 2005) en estimant un potentiel d’accroissement excédentaire (PEG; Niel et Lebreton 2005). En complément, l’approche du niveau de prélèvement potentiel (PTL; Runge et al. 2009) peut permettre de fixer un niveau de prélèvement en fonction des objectifs de gestion et/ou d’évaluer si les niveaux d’exploitation actuels répondent à ces objectifs. Le package popharvest est un outil récemment développé, notamment par l’OFB, pour la plateforme mondiale de langage de programmation et de modélisation statistique R. Ce package permet de mettre en œuvre ces deux approches de manière simple et directe (Eraud et al. 2021, Johnson et al. 2024). Il fournit aux utilisateurs un ensemble de fonctions flexibles dont les arguments peuvent ˆetre adaptés aux connaissances existantes sur la dynamique des populations. De plus, popharvest permet aux utilisateurs de tester des scénarios ou de propager l’incertitude des paramètres démographiques à l’évaluation de la durabilité grâce à des simulations Monte Carlo faciles à programmer. La simplicité du package en fait une boˆıte à outils utile pour les gestionnaires de la faune sauvage ou les décideurs politiques.

Le package popharvest a notamment largement supporté le programme de la ’Task Force on the Recovery of Birds’ (TFRB), groupe ad hoc du NADEG (NADEG 2021) auquel contribue l’OFB, afin de diagnostiquer la durabilité des prélèvements de 30 espèces de l’annexe II de la Directive Oiseaux. La TFRB est chargée d’examiner les preuves scientifiques et de discuter des recommandations techniques puis de formuler des recommandations au NADEG. Après plusieurs expériences d’utilisation de ce package popharvest dans sa 1ère version (Ellis et al. 2022, Carenton et al. 2024), des pistes d’améliorations ont été identifiées pour le rendre plus complet, plus appliqué et plus opérationnel.

Le package RLA (Genu et al. 2021) développé indépendamment par l’observatoire Pelagis à l’Université de La Rochelle permet d’évaluer l’impact des captures accidentelles de faune sauvage, notamment marine, sur la viabilité à long-terme des populations, notamment dans les cadres réglementaires européens comme la Directive Cadre ”Stratégie pour le Milieu Marin”. Le cadre méthodologique pour déterminer des seuils de prélèvements indirects à ne pas excéder repose sur la simulation de dynamique de populations et de l’impact des activités humaines via des jumeaux numériques, aussi appelés modèles opérationnels. Ces modèles opérationnels sont des modèles de dynamique de population (structurés en stage/âge ou non) qui simulent également des données de monitoring. Le package RLA a été développé sur la base des travaux de la commission baleinière internationale et du US Marine Mammal Protection Act, mais la portée méthodologique dépasse la taxonomie. Des adaptations pour les oiseaux, notamment marins, sont possibles et en cours. Le package RLA a été utilisé dans des évaluations récentes (e.g. OSPAR, Taylor et al. 2022).

Les packages popharvest et RLA ont été développés indépendamment dans des buts similaires mais concernant des espèces exploitées dans un cas et des espèces protégées dans l’autre cas. Le potentiel pour une pollinisation croisée fructueuse des innovations méthodologiques propres à chaque package est élevé et fait donc l’objet du projet PopART.

Bibliographie dans la fiche de poste téléchargeable en bas de page.

Mission

Ce projet se déroulera en deux volets avec les objectifs suivants :

1- amélioration du package popharvest : plusieurs améliorations sont envisagées pour rendre l’outil plus généralisable et plus appliqué

– intégration éventuelle de structure d’âge et de sexe pour améliorer les estimations de durabilité de prélèvements d’espèces longévives. – standardisation de l’acceptation du risque pour les décisions de gestion, qui consiste à s’appuyer sur le concept de dominance stochastique. – généralisation des relations allométriques à plusieurs familles taxonomiques. – intégration d’options d’analyses de sensibilité permettant d’identifier les paramètres ou traits d’histoire de vie les plus influents ou les moins bien estimés donc permettant d’estimer les marges de progrès pour améliorer la gestion ou la conservation des espèces.

2- amélioration du package RLA, (Genu et al. 2021, Ouzoulias et al. 2024) – Intégration de la méthodologie des invariants démographiques – Intégration des règles de gestion en usage dans le cas d’espèces exploitées Optimisation du temps de calculs pour les simulations nécessaires aux évaluations numériques des stratégies de gestion

La synthèse des résultats de ces deux premières phases de recherche permettra d’évaluer la faisabilité et l’intérˆet de produire éventuellement un package unique fondé sur différentes approches méthodologiques et dédié à l’évaluation et à la gestion des niveaux de mortalités anthropiques des espèces sauvages. Ce package intégré aurait pour vocation de devenir un outil de base à destination des praticiens, à la fois en biologie de la conservation pour l’évaluation et la réduction des causes de mortalité anthropique d’espèces menacées et en gestion adaptative, pour l’évaluation de la durabilité des prélèvements.

Compétences requises

Profil recherché : Niveau BAC+5, une expérience précédente d’emploi serait appréciée mais n’est pas nécessaire pour candidater. Néanmoins, il faudra démontrer votre appétence pour le codage/programmation.

Savoirs-faire

• Compétences en analyses numériques et modélisation, notamment en dynamique de populations (modèles matriciels)
• Maîtrise de R (incluant tidyverse et ggplot)
• Connaissances de l’avifaune et/ou de la gestion cynégétique seront un plus mais non indispensables
• Connaissances de la mégafaune marine seront un plus mais non indispensables
• Compétences rédactionnelles
• Anglais écrit et oral
• Connaissances de LATEX ou markdown/quatro

Savoirs-être

• Qualités relationnelles
• Autonomie
• Capacité à se former
• Organisation, méthode, rigueur

Type de recrutement :

• Catégorie : A
• Affectation : Observatoire Pelagis – La Rochelle (17) – des déplacements sont à prévoir en France dans les équipes OFB (Montpellier, Chizé, Arles).
• Type : CDD 13 mois renouvelable jusqu’à 30 mois – Poste à pourvoir au printemps 2026.
• Durée de travail : temps plein
• Rémunération : 2 323.55€ brut mensuel en référence à la charte de gestion du personnel contractuel de La Rochelle Université.

Environnement de travail :

• Télétravail possible à raison de 1 jour/semaine après 4 mois de contrat et 2 jours/semaine après 6 mois
• Prise en charge des frais de transport en commun à hauteur de 75%
• Formations prévues (création de package R)

Recrutement ouvert à toute personne bénéficiaire d’une RQTH

Information sur le poste à pourvoir :

• Matthieu AUTHIER: mauthier@univ-lr.fr
• Pierre Defos Du Rau: pierre.defosdurau@ofb.gouv.fr

Information sur la procédure de recrutement :

• Marie DE CHALENDAR : marie.de_chalendar@univ-lr.fr

Comment candidater

Votre dossier de candidature est à constituer : d’un CV (2 pages max.) ainsi qu’une lettre de motivation (2 pages max.) et à déposer en un seul fichier sur l’application dédiée à cet effet accessible en cliquant ici (Référence du poste : RECH/Pelagis/26-01).

Date limite de candidature : 28/02/2026.

Aucune candidature ne sera recevable après cette date (minuit, CET).

La Rochelle Université détient le label « HR Excellence in Research » qui reconnait son engagement dans la démarche HRS4R.